Temas selectos de análisis numérico y computación científica II - 3 hrs/sem
Azpeitia Eugenio
Modelado matemático computacional de procesos biomoleculares
El curso se enfocará en entender las bases de la biología molecular, como los procesos biomoleculares se pueden formalizar en sistemas de ecuaciones y cuales son los análisis fundamentales que se suelen realizar.
Temario
1) Bases de biología molecular con especial énfasis en el dogma central de la biología, procesos post transcripcionales y posttraduccionales y reacciones enzimáticas.
2) Modelado de los procesos biomoleculares por medio de ecuaciones diferenciales abordando la ley de acción de masas, michaelis menten, ecuaciones de hill, y sus variantes.
3) Análisis computacional de los procesos biomoleculares incluyendo simulaciones numéricas, análisis de estabilidad, oscilaciones, optimización de parámetros, análisis de sensibilidad paramétrica y bifurcaciones.
Bibliografía
-Alberts, B. (2015) Molecular Biology of the Cell. 6th Edition, Garland Science, Taylor and Francis Group, New York.
-Nelson, D. L., & Cox, M. M. (2017). Lehninger principles of biochemistry (7th ed.). W.H. Freeman.
-Alon, U. (2019). An introduction to systems biology: design principles of biological circuits. Chapman and Hall/CRC.
-Ingalls, B. P. (2013). Mathematical modeling in systems biology: an introduction. MIT Press.
-Voit, E. (2017). A first course in systems biology. Garland Science.
Requisitos
Programación básica en python (e.g., diseñar sus propias funciones, loops)
Es deseable que los alumnos tengan bases mínimas de biología molecular (e.g., que es el ADN, el RNA y las proteínas. Que son las enzimas)
Comentarios
El curso consistirá en clases en pizarrón y lecturas semanales de artículos relacionados a los temas que se irán abordando.
